【摘要】 染色质免疫共沉淀测序技术（Chromatin Immunoprecipitation followed by Sequencing，ChIP-Seq）面世于2007年，现在已经成为在全基因组范围内分析转录调控和表观遗传学机制的实验标准。

染色质免疫共沉淀测序技术（Chromatin Immunoprecipitation followed by Sequencing，ChIP-Seq）面世于2007年，现在已经成为在全基因组范围内分析转录调控和表观遗传学机制的实验标准。染色质免疫共沉淀测序技术是将染色质免疫沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）与新一代测序技术（Next Generation Sequencing）相结合，他的实验原理是：在生理状态下，把细胞内的DNA与蛋白质交联（Crosslink）后裂解细胞，分离染色体，通过超声或酶处理将染色质随机切割，利用抗原抗体的特异性识别反应，将与目的蛋白质相结合的DNA片段和目的蛋白质沉淀下来，再通过反交联（Reverse Crosslink）释放结合蛋白的DNA片段。此步骤获得全基因组范围内与组蛋白或转录因子等DNA结合蛋白相互作用的DNA区段信息，这些DNA区段信息的长度大约为200 bp。用新一代的测序技术测序获得36~100 bp的DNA片段的序列，最后这些DNA片段将会被比对到对应的参考基因组上。当下用于新一代测序的测序仪器主要有：罗氏公司（Roche）的454测序仪，Illumina公司的测序系统（MiSeq，HiSeq2000，HiSeqX），ABI（Applied Biosystem）公司研发的SOLiD测序仪。

 

目前，ChIP-Seq的应用体现在DNA序列上转录因子结合位点的识别，全基因组组蛋白的修饰，核小体定位和DNA甲基化等。而且随着以上问题更深入的研究，还会更加激励实验方法和分析方法的发展，更好地解决以上问题。ChIP-Seq可以以较低的成本去取得海量的数据，而且随着空间分辨率的进一步提高，测序所需要的起始细胞数量会逐步减少，测序的容量也会逐渐增大。

 

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